In der protestantischen Korrespondenz im Vorfeld des Reichstags werden die dogmatischen und konfessionspolitischen Gegensätze zwischen lutherischen und calvinistischen Ständen nach Aktenlage nicht explizit angesprochen, gleichwohl spielte das Thema in der Reichstagsvorbereitung einzelner Stände83 und in deren Instruktionen84 eine bedeutende Rolle. Namentlich der streng lutherische Pfalzgraf Philipp Ludwig von Neuburg legte großen Wert darauf, besonders im Hinblick auf Intensität und Umfang der Kooperation mit calvinistischen Ständen in Regensburg. Daneben befassten sich Gutachten von Württemberger Theologen und politischen Räten für Herzog Friedrich I. mit dem Problem.

Abgesehen von diesen internen Vorarbeiten ist auf der Ebene der interständischen Kommunikation nur eine Vorabsprache eben zwischen beiden genannten Regenten dokumentiert. Nachdem Philipp Ludwig Herzog Friedrich aufgefordert hatte, auf dem Reichstag in der Zusammenarbeit mit calvinistischen Ständen sehr „caute“ vorzugehen, damit sich die CA-Stände damit nicht des „beneficii deß religion fridens unwürdig und unfehig macheten“85, und im Anschluss an eine anderweitige vertrauliche Bitte um eine Stellungnahme des Herzogs, ob und inwieweit man sich an Verhandlungen mit Calvinisten beteiligen solle86, suchten die Württemberger Reichstagsgesandten auf ihre Anreise nach Regensburg am 27. 4. 1594 den Pfalzgraf in Neuburg auf, um ihm die Position Herzog Friedrichs mündlich darzulegen87: Er habe ihnen aufgetragen, in Regensburg mit ihm, dem Pfalzgraf, und mit Kuradministrator Friedrich Wilhelm von Sachsen „in religion sachen gutte, vertrauliche correspondentz zuhalten“, insbesondere im Hinblick auf die fragliche Kooperation mit Calvinisten. Herzog Friedrich beabsichtige, „inn religions sachen den calvinisten zue gemeinem praeiuditio gar nichts einzuraumen noch nachzugeben“, sondern nach dem Vorbild seiner Vorgänger im Herzogtum standhaft bei „reiner augspurgischer confession“ zu verharren und sich dabei Pfalz-Neuburg und Kursachsen anzuschließen. Falls diese sowie andere Stände der reinen CA befürworten, „das mann sich inn religion sachen mit den calvinisten nicht einzulassen, wir88 es auch euer f. Gn. theils darbei bewenden lassen und, wie auch etwan auff vorigen Reichs tägen geschehen, das directorium bei der Chur Sachsen zusuchen und alda auff ansagen zu berahtschlagung der gravaminum erscheinen solten“. Falls dagegen Pfalzgraf und Kuradministrator sowie weitere Stände „reiner augspurgischer confession darfür haltten würden, dz man sich inn bedenckhung gegenwürdiger gelegenheitt von den calvinisten nit wol abzuesöndern“, sei diesen unter Protest zu verdeutlichen, „dz man sich mit inen nit alß stennden augspurgischer confession, sonnder allein alß Reichß stenndt, welche sich vom babstumb abgesündertt, inn gemeine handlung einlassen wollte“. Auch sollen die protestantischen Beschwerden nicht namens der CA-Stände insgesamt, sondern für jeden Stand gesondert unterzeichnet, „darneben auch die gravamina religionis alß politische beschwerdten sovil müglich tractiert, daryber auch zue mehrer versicherung ein bedingliche protestation schrifft begriffen“ werden. Von den in Heilbronn vorgebrachten Religionsbeschwerden im engeren Sinn habe Herzog Friedrich sich distanziert, da er deren dortige Vorlage nicht erwartet hatte.

Zur Nachfrage Philipp Ludwigs, inwieweit der Herzog zwischen den Einzelgravamina (mit politischem oder religiös-konfessionellem Hintergrund) differenziere und ob er die Unterzeichnung als Gesamtzusammenstellung für alle ‚vom Papsttum abgetretenen Stände‘ befürworte, während Kuradministrator Friedrich Wilhelm von Sachsen für ratsamer halte, dass jeder Stand „seine gravamina besonder clagen solte“, verwiesen die Württemberger Gesandten auf ihren Auftrag, sich diesbezüglich mit ihm, dem Pfalzgraf, dem Kuradministrator und anderen Ständen der ‚reinen CA‘ zu vergleichen. Sie deuteten aber an, dass der Herzog „gleichwohl etliche puncten, dem religion wesen anhengig, also geschaffen vermerckhen, da[ss] man sich mit den calvinisten als Reichs ständen bona conscientia einlaßen möchte“, etwa die Beschwerden gegen die katholische Besetzung des Richteramtes am Reichskammergericht oder von kaiserlichen Kommissionen in Religionsbelangen. Gegen die Erwartung der Gesandten erfolgte dazu keine weitere Unterredung, lediglich im privaten Gespräch äußerte der Pfalzgraf die Befürchtung, dass man mit der von Herzog Friedrich angedeuteten Unterzeichnung der Gravamina und dem zusätzlichen Protest „nicht gnugsam verwahrt sein möchte. Dabey auch sein f. Gn. anregung gethon, ob nit diß mittel an die handt zunemen, daß man die gravamina mit solchen clausulis in schrifften außführen khönde, daß die calvinisten dardurch verursacht würden, sich selber abzusündern“. Die weiteren Erörterungen wurden an die beiderseitigen Räte in Regensburg verwiesen.

Infolge dieser Vereinbarung, vor allem aber wegen des Unterbleibens anderweitiger umfassenderer Vorgespräche zum gemeinsamen Auftreten lutherischer und calvinistischer Stände konnte auch diese Frage vor der Reichsversammlung nicht geklärt werden. Die Problematik wurde folglich in Regensburg zuerst in den informellen Unterredungen auf protestantischer Seite vor der Verhandlungseröffnung thematisiert, sie blieb aber nachfolgend im Zusammenhang mit der Übergabe der Gravamina stets virulent89 und trug damit ganz wesentlich zur konfessionsinternen Separierung auf dem Reichstag bei.